(一)位於臺灣臺南市。創建於明永曆年間（1647～1661），初稱彌陀室，迄今已歷三百餘年。清康熙五十七年（1718）重興擴建，始改稱彌陀寺。嘉慶年間及民國初年均曾再事整修，寺內藏有「重建彌陀寺碑記」、「彌陀寺重修碑記」等文獻古碑。自民國五十二年（1963）圓斌法師任住持後，即致力重建，全寺悉仿唐宮殿式建築，宏偉莊嚴，今為臺灣南部之名剎。
(二)位於臺灣嘉義市。清乾隆年間周達本初建草菴，至乾隆三十八年（1773），由地方信眾創建彌陀寺。迄至民國二年（1913），義敏法師予以重修。五年妙圓法師加以改建。三十一年永馨法師再次修建，並建靈隱塔。五十九年，由如哲、圓哲二尼師同時晉任該寺住持。六十二年全面拆除重建，寺貌一新。
(三)位於臺灣臺北北投。民國四十二年（1953），由淨良法師開山創建。寺址遠離鬧區，山青水秀，綠蔭遍野，溪畔蒼翠，幽雅脫俗，為一清修勝地。