有廣狹二義：(一)廣義之真言宗，泛指自印度傳入西藏、中國、日本之密宗。（參閱「密宗」4477）
　(二)狹義之真言宗，特指流傳於日本之密宗。為日本八宗之一。以「即事而真」、「三密加持」為主要法門。又稱真言陀羅尼宗、真言密宗、祕密宗、曼荼羅宗、瑜伽宗、陀羅尼宗、三摩地宗。以重視念誦真言（即咒語），故稱真言宗。開祖為弘法大師空海（774～835）。相對於最澄所傳之天台密宗（即台密）而言，又稱東密。其法統由教祖大日如來（即摩訶毘盧遮那）傳金剛薩埵（二祖）、龍猛（三祖）、龍智（四祖）、金剛智（五祖）、不空（六祖）、惠果（七祖）、空海（八祖），稱為付法八祖。其根本聖典為大日經（善無畏譯）、金剛頂經（不空譯），稱為兩部大經。另又依準蘇悉地經、瑜祇經、釋摩訶衍論、菩提心論、大日經疏等經軌與論釋。此外，空海自撰之十住心論、祕藏寶鑰、辨顯密二教論、即身成佛義、聲字實相義、吽字義、般若心經祕鍵等，亦極為重要。其教義大綱係講說六大（體）、四曼（相）、三密（用）等三大圓融，建立兩部曼荼羅，而以「即身成佛」為其主旨。自空海極力弘傳，依據顯密二教判與十住心而建立橫豎二判之純密教，以表示勝於其他諸宗，密宗雖衰於印度、中國，卻於西藏、日本永傳不墜。
　延曆二十三年（804），空海入唐，師事惠果，大同元年（806）返國，以時機相應，受朝野歸仰。自來日僧入唐請回經籍者雖有所謂入唐八家，然得七祖之嫡傳、化風之盛，則無出空海之右者，故以之為付法第八祖，並被尊為日本真言宗開祖。弘仁七年（816），於高野山創設金剛峰寺。弘仁十四年，嵯峨天皇賜予東寺（即教王護國寺），遂與金剛峰寺同為此宗之根本道場。門人甚多，以真濟、真雅、實慧、道雄、圓明、真如、杲鄰、泰範、智泉、忠延等十人最為傑出，或媲美為世尊之十大弟子。空海與此等門人大揚宗風，而予平安時代社會各階層以極深之影響。然於空海寂後百年頃，事相之傳承分成小野、廣澤兩大流派。即於真雅之下有源仁，源仁之下有益信、聖寶二哲。益信之後，經數代至寬朝時，其門流稱廣澤流；聖寶之後，經數代至仁海時，其門流稱小野流。二者復各分六流，合稱野澤十二流，其後更生三十六流、七十餘流。
　廣澤流以益信為開祖，以嵯峨之遍照寺為中心道場，宇多天皇對益信備極敬仰，昌泰二年（899）歸依、落髮、受具足戒，延喜元年（901）灌頂傳法而成法皇，置其僧房於花園（御室）之仁和寺，自此，仁和寺即成廣澤流之根本道場。至寬助時，廣澤流大別分出六派，稱廣澤六流：(一)仁和寺御流，由覺法法親王開出，住持皆由皇子出家之法親王擔任，此即日本皇族寺院門跡制度之嚆矢。(二)保壽院流，由永嚴開出。(三)西院流，由信證開出。(四)華藏院流，由聖慧法親王開出。(五)忍辱山流，由寬遍開出。(六)傳法院流，由覺鍐開出。
　小野流以聖寶為開祖，聖寶嘗習三論、法相、華嚴，尤精三論，以東大寺東南院為根本道場，專弘三論，同時又傾慕修驗道之祖役小角之行跡而於山中修行，故後世稱之為修驗道之中興人物。於其師真雅示寂後，從真然受密法灌頂，又從源仁受東密之奧密，聲譽與益信齊。寬平九年（897），其所建之醍醐寺被列為官寺，而與廣澤流之仁和寺並峙。聖寶之下，先後傳觀賢、淳祐、元杲、仁海，為小野流之極盛期，仁海與廣澤流之寬朝，號稱東密二大重鎮。仁海之下有成尊，成尊門下出義範、範俊、明算。義範之下傳勝覺，範俊之下傳嚴覺，由此二人各出三流，成為小野六流：(一)三寶院流，由定海開出。(二)理性院流，由聖覺開出。(三)金剛院流，由聖賢開出。(四)勸修寺流，由寬信開出。(五)隨心院流，由增俊開出。(六)安祥寺流，由宗意開出。
　開出廣澤傳法院流之覺鍐，於天承元年（1131）登高野山，創建大傳法院，並兼任金剛峰寺座主，其時為平安末期。高野山與東寺向來主張「大日如來本地法身說」，覺鍐則針對高野山之說而提倡「自性加持身說」。由是兩派乃告分裂，高野山派稱為古義真言宗，覺鍐及其擁護者則稱為新義真言宗。其後覺鍐由於高野山徒之忌，於保延六年（1140）移至和歌山縣之根來，奠立新義派之基礎。覺鍐之下有兼海、證印，兼海之後有賴瑜，亦主張「加持說」，並受報恩院流賢深之付法，開出中性院流，至聖憲時，集加持說之大成，確立新義派之基礎。根來遭燬後，專譽、玄宥各住大和長谷寺、京都智積院，各建法幢，開創豐山（長谷寺）、智山（智積院）二派。至於高野山，則有宥快、長覺等固持「本地說」，其後傳長譽、快全、成雄、仟遍、印融等。至江戶時代，慧光、曇寂、道空、弘道等人輩出，致力融合新古二說，至後豐山之法住而集大成。
　日本真言宗自根本之小野、廣澤二流開始，雖衍生眾多流派，然中世以來僅大別為新義、古義二派，江戶時代，古義派多屬高野山，新義派則隸屬智山、豐山二山。明治五年（1872）設立教部省，初以高野山為古義派之總本山，以智、豐二山為新義派之總本山，由二派三山之住職輪流出任真言宗管長，未久以東寺得古義總本山之認可，遂由二派四山交替任管長職，統轄全日本真言宗寺院。十一年，仁和、大覺、廣隆、神護、法隆、西大、招提等七山合為西部真言宗，別置管長，四山輪流制乃廢，而東寺、高野二山則號真言宗。翌年，內務省命廢各部派管長，而應以一宗設立一管長，乃以東寺為此宗之總本山，設法務所，以統轄全宗。十八年，智、豐二山合稱真言宗新義派。二十九年，醍醐寺請願獨立一派。三十三年，古義派中，仁和寺稱真言宗御室派，高野山為高野派，大覺寺為大覺寺派，醍醐寺為醍醐寺派，東寺、勸修寺、隨心院、泉涌寺等四山合稱真言宗；新義派中，智、豐二山亦分裂，各稱新義真言宗智山派與新義真言宗豐山派，別置管長。四十年，真言宗四山亦分裂為真言宗東寺派、真言宗山階派（勸修寺）、真言宗小野派（隨心院）、真言宗泉涌寺派。大正十四年（1925），高野、御室、大覺寺三派聯合，以金剛峰寺為總本山，其他二寺為本山，改稱古義真言宗。昭和六年（1931），小野派又以善通寺為本山，派名改為善通寺派。
　目前古義真言宗較重要者有七大派，即：(一)真言宗高野派，宗祖空海，本山在高野山金剛峰寺，空海於嵯峨天皇弘仁七年（816）上表請此地，賜「高野山」。末寺（隸屬本寺之寺院）有二七六○所。依古義各派聯合制規，金剛峰寺座主任真言宗聯合高野山大學總理及高野山中學校長，並協同各寺派經營京都專門學校及東寺中學，以教育門下子弟。(二)真言宗山階派，宗祖空海，派祖嚴覺，大本山在山科勸修寺。為昌泰三年（900），醍醐天皇之母后發願所建，以承俊為開山。有末寺一二○餘所。並協同各寺派經營京都專門學校及東寺中學校，以教育本派子弟。(三)真言宗醍醐派，宗祖空海，派祖聖寶，總本山在山城醍醐寺。派祖聖寶受空海法孫源仁之付法，於清和天皇貞觀十六年（874）開創醍醐寺為修法道場，其法流稱小野流。領有末寺九四○餘所，並協同各寺派等，經營京都專門學校及東寺中學校。(四)真言宗御室派，宗祖空海，派祖為寬平法皇（宇多天皇），本山在山城御室仁和寺。仁和寺為光孝天皇敕願，於仁和二年（886），在小松鄉大內山麓創建。本派又衍出廣澤御流、西院流、保壽院流、忍辱山流、傳法院流、華藏院流等派。末寺有一二○○餘所，並協同各寺派經營京都專門學校及東寺中學校，以教育門下子弟。(五)真言宗東寺派，空海為開祖，總本山在京都東寺。弘仁十四年（823），嵯峨天皇將東寺賜予空海，專研修真言宗之經律論，成為弘通真言之根本道場。末寺有一八○餘所，並協同各寺派在東寺境內設立京都專門學校及東寺中學校，以教育派下之子弟。(六)真言宗善通寺派，宗祖空海，派祖增俊，大本山在讚岐國善通寺。末寺有三十餘所，並協同各寺派在京都東寺境內經營專門學校及東寺中學校等，以教育子弟。(七)真言宗泉涌寺派，宗祖空海，開祖俊芿，大本山在京都泉涌寺。俊芿於建久年間入宋學法，歸日後復興泉涌寺，使之成為台、密、禪、律四宗兼學之道場。末寺有四十餘所，並協同各寺派經營京都專門學校及東寺中學校。
　又新義真言宗之兩大派，分別為：(一)新義真言宗智山派，略稱智山派。宗祖空海，派祖覺鍐，中興開祖玄宥，總本山在京都智積院，乃德川家康所捐獻。末寺有三○七○餘所，並於東京設立智山專門學校，以教育本派子弟。(二)新義真言宗豐山派，略稱豐山派。高祖空海，宗祖覺鍐，派祖專譽，總本山在大和豐山長谷寺。末寺有二九九○餘所，昭和元年（1926）聯合天台、淨土兩宗於東京設立大正大學，以教育本派子弟。（參閱「入唐八家」262、「空海」3479、「密宗」4477、「覺鍐」6801）